BIA thành lập một chính phủ lâm thời ở một số vùng của đất nước vào mùa xuân năm 1942, nhưng có sự khác biệt trong giới lãnh đạo Nhật Bản về tương lai của Miến Điện. Trong khi Đại tá Suzuki khuyến khích ba mươi đồng chí thành lập chính phủ lâm thời, lãnh đạo quân đội Nhật Bản chưa bao giờ chính thức chấp nhận một kế hoạch như vậy. Cuối cùng, quân đội Nhật Bản đã chuyển hướng sang Ba Maw thành lập chính phủ.[3]

Trong cuộc chiến năm 1942, BIA đã phát triển một cách không kiểm soát được, và nhiều quan chức cấp huyện và ngay cả những tên tội phạm còn tự bổ nhiệm vào BIA. Nó được tổ chức lại thành Quân đội Phòng vệ Miến Điện (BDA) thuộc Nhật Bản nhưng người đứng đầu vẫn là Aung San. Trong khi BIA là một lực lượng phi chính quy thì BDA lại được các giảng viên người Nhật tuyển chọn và đào tạo thành một đội quân quy ước.[3]

Ba Maw sau đó đã tuyên bố mình là nguyên thủ quốc gia, và nội các của ông bao gồm cả Aung San làm Bộ trưởng Chiến tranh và nhà lãnh đạo Cộng sản Thakin Than Tun là Bộ trưởng Bộ Đất đai và Nông nghiệp cũng như các nhà lãnh đạo Xã hội chủ nghĩa Thakins Nu và Mya. Khi người Nhật tuyên bố Miến Điện về mặt thuyết chính thức độc lập vào năm 1943, Quân đội Phòng vệ Miến Điện (BDA) được đổi tên thành Quân đội Quốc gia Miến Điện (BNA).[3]

Người Miến đã sớm nhận thấy rõ những lời hứa hẹn về nền độc lập của người Nhật chỉ đơn thuần là một sự giả mạo và Ba Maw đã bị lừa dối. Khi chiến tranh quay lưng lại với người Nhật, họ tuyên bố Miến Điện là một nhà nước có chủ quyền toàn bộ vào ngày 1 tháng 8 năm 1943, nhưng đây là chỉ là vẻ bề ngoài khác. Vỡ mộng, Aung San đã bắt đầu đàm phán với các nhà lãnh đạo Cộng sản Thakin Than Tun và Thakin Soe, và các nhà lãnh đạo Xã hội chủ nghĩa Ba Swe và Kyaw Nyein dẫn đến sự hình thành Tổ chức chống Phát xít (AFO) vào tháng 8 năm 1944 tại một cuộc họp bí mật của CPB, PRP và BNA ở Pegu. AFO sau đó được đổi tên thành Liên đoàn Tự do Nhân dân chống Phát xít (AFPFL)[3] và phản đối thẳng thừng chủ nghĩa phát xít Nhật Bản, đề xuất một xã hội công bằng và bình đẳng hơn.[4]

Thakins Than Tun và Soe khi đang ở trong nhà tù Insein vào tháng 7 năm 1941 là đồng tác giả của Tuyên ngôn Insein đó, đối chọi những ý kiến ​​phổ biến trong phong trào Dobama, xác định chủ nghĩa phát xít trên thế giới mới là kẻ thù chính trong cuộc chiến sắp tới và kêu gọi hợp tác tạm thời với người Anh trong mối liên kết Đồng Minh rộng hơn bao gồm cả Liên Xô. Soe đã bí mật tổ chức kháng chiến chống lại sự chiếm đóng của Nhật Bản, và Than Tun đã có thể vượt qua được cơ quan tình báo Nhật tới chỗ Soe, trong khi các nhà lãnh đạo cộng sản khác như Thakins Thein Pe và Tin Shwe đã liên lạc với chính quyền thực dân lưu vong tại Simla, Ấn Độ.[3]

Thảm sát Kalagong

Quân đội Nhật đã tiến vào làng Kalagong và bố ráp toàn bộ dân cư để các thành viên của Tiểu đoàn 3, Trung đoàn 215 và OC Moulmein Kempeitai Lục quân Đế quốc Nhật Bản thẩm vấn. Các đơn vị này làm theo lệnh của Thiếu tướng Seiei Yamamoto, Tham mưu trưởng của Tập đoàn quân 33 nhằm dò tìm khu vực dành cho du kích theo như báo cáo có sự hợp tác với lực lượng nhảy dù Anh.

Phụ nữ và trẻ em bị hãm hiếp và đánh đập nhưng chẳng khai thác được bất kỳ thông tin nào. Do đó Kempeitai đã ra lệnh thảm sát toàn bộ ngôi làng. Những người dân làng bị bắt theo nhóm 5-10 người đến các giếng nước gần đó, bịt mắt và đâm bằng lưỡi lê, còn xác của họ bị quẳng xuống giếng. Ước tính có khoảng 600 dân làng Miến Điện đã chết trong vụ thảm sát Kalagong.